武汉市妇幼保健院于2003年9月成立，由武汉市儿童医院和武汉市妇幼保健院组成。武汉市儿童医院和武汉市妇幼保健院分别始建于1954年和1992年。中心担负着全省及邻近地区儿童疾病的医疗、科研任务和武汉市近500万妇女儿童的卫生保健及其管理、指导任务。
武汉市妇幼保健院占地面积共6.55万平方米，拥有三个门诊部和一幢10层、二幢3层共600张病床的现代化病房大楼。中心还将在近年内兴建1.6万平方米的妇幼保健大楼和2万平方米的外科综合大楼。病区内设中央空调、中心负压吸引、中心供氧系统，建有ICU、NICU、CCU等重症监护单元和急救网络系统。
武汉市妇幼保健院在编职工1144人，其中具有高级职称人员193人；是武汉大学、华中科技大学同济医学院、河南新乡医学院的教学基地，有兼职教授35人，每年担负着本科、大专、中专及进修计1000余名医学生的临床教学和实习任务；中心还设有武汉市卫生学校分校，为儿科护理培养专门人才。
武汉市妇幼保健院专科设置齐全，有小儿内、外、眼、耳鼻咽喉、皮肤、急救、中西医结合、中医、外科日间手术、妇产科等临床科室及儿童保健科、妇女保健科、基层指导科等预防保健科室，设有药剂、检验、放射、超声、内窥镜等十余个医技科室。配备有全身螺旋CT、核磁共振、1250毫安X光机、数字成影血管造影机、人工呼吸机、全自动生化分析仪、全自动细菌培养系统、动态脑电图、高压氧舱等大、中型医疗仪器。
武汉市妇幼保健院着力发展重点专（学）科，小儿心胸外科、生殖健康科为市级重点专（学）科，小儿耳鼻咽喉科、小儿神经内科、小儿腹腔镜专科、小儿CT与MRI影像诊断科、医学分子生物学与免疫学是市级重点专（学）科建设单位。
1999年经湖北省卫生厅批准，“湖北省儿童心血管疾病诊疗中心”在市儿童医院成立。中心还建立了小儿气管异物治疗中心、小儿哮喘病诊疗中心、小儿日间手术治疗中心、小儿肾病治疗中心、小儿微创及腹腔镜外科诊疗中心。投入了一定的人力物力，为发展专科专病优势创造条件，使其治疗水平进一步提高。
武汉市妇幼保健院在全市建立了辐射13个区1028个社区的三级妇幼保健服务网络和妇女儿童疾病监测网络，在全国率先开展了婚检人群艾滋病筛查，并在全市广泛开展了新生儿疾病筛查，产前唐氏综合症筛查工作，为提高全市出生人口素质，提高妇女儿童生存质量做了卓有成效的工作。
近十年来，武汉市妇幼保健院已通过科研成果鉴定37项，分别达到、接近国际先进水平及国内领先水平，获得武汉市科技进步奖19项，湖北省科技进步奖1项，湖北省医学卫生科技进步奖5项；在国内外各专业期刊发表论文1290余篇。
随着对外交流的扩大，武汉市妇幼保健院先后与加拿大魁北克拉瓦尔大学中心医院和英国曼城圣玛莉医院结为友好医院，与德国杜伊斯堡市心血管疾病治疗中心定期开展学术交流活动。
质量是中心管理永恒的主题，武汉市妇幼保健院十分注重质量管理，建立了综合质量管理体系，制定了三级医师查房、单病种质控、疑难病考核、专科护理和整体护理质量标准，坚持质量考核奖惩制度。同时，还制定了44个岗位服务标准，在中心推行规范化服务。通过提高医疗质量和服务质量，赢得了病人的信赖。
武汉市妇幼保健院曾多次被评为全国和省、市卫生系统“文明单位”，被卫生部授予“全国卫生文明先进集体”等荣誉称号，连续三年荣膺武汉市十行业新风杯竞赛的“白求恩新风杯”。1996年市儿童医院被湖北省卫生厅评定为全省专科医院中的较早“三级甲等医院”，1998年被湖北省卫生厅授予“湖北省文明行业示范医院”荣誉称号，并于同年跨入全国“百佳医院”行列。
武汉市妇幼保健院被卫生部确定为中国儿童卫生保健指导中心，被授予“爱婴医院”称号。2004年，中心被市文明委、市卫生局确定为武汉地区第一批文明品牌医院。